Ruines et rumeurs passées, voilà tout ce qui reste de « l'ancien » monde. Quelques siècles plus tôt une catastrophe aussi spectaculaire qu'improbable ravagea la planète entière : Deux mondes rentrèrent en collision. Petit à petit, toute la « substance » de l'autre monde se retrouva transportée sur terre, y compris les étranges créatures qu'elle abritait, les Pokémons. L'humanité toute entière et son empire s'effondrèrent en quelques jours. Mais comme dans toute catastrophe, il y a une trace, une poignée de survivants pour ressortir des ruines, l'air surpris. Aussi la race humaine ne s'éteint pas ce jour-là, et continua à survivre tant bien que mal.

Mais aujourd'hui, il est temps de reconstruire.